Er is iets mis met de krachten van Nya, de Water Ninja. Tegelijkertijd gebeuren er vreemde dingen in en om Ninjago City. Nya’s moeder, de vroegere Meester van het Water, komt onverwacht langs om de ninja’s te helpen met het oplossen van het raadsel van Nya’s verloren krachten. Maar daarvoor moeten ze naar de bodem van de zee…

Na een schoolreisje naar een dinopark wordt de bus gekaapt door De Leeuwin, de grootste vijand van de Game Helden. Wanneer Manú de klas per ongeluk naar de prehistorie stuurt, moeten de Game Helden samenwerken met De Leeuwin en haar klonen. Maar dan stuiten ze op een woeste Spinosaurus! Lukt het de Game Helden om veilig terug te keren naar het heden? En kunnen ze De Leeuwin vertrouwen?